Первый срок
По версии Генпрокуратуры России, с мая 1996 по ноябрь 1997 года на счета швейцарской фирмы Andava, которая принадлежала в том числе и Борису Березовскому, бывшие сотрудники перевозчика Николай Глушков (входил в совет директоров), Лидия Крыжевская и экс-глава Финансовой объединенной корпорации Роман Шейнин аккумулировали 80% валютной выручки «Аэрофлота». Всего на счета Andava было перечислено 252,4 млн долл. Часть этих средств была использована в сделках с дочерними фирмами компании, а «Аэрофлот» выплачивал кредиторам высокие проценты по векселям и штрафы за их несвоевременную уплату — всего на сумму 214,988 млн руб. Именно эти деньги следствие в 1999 году сочло похищенными.
12 марта 2004 года Савеловский суд признал подсудимых виновными в злоупотреблении полномочиями и невозвращении из-за границы валютной выручки. Николай Глушков был приговорен к трем годам и трем месяцам лишения свободы. В 2007 году Савеловский суд Москвы заочно приговорил Бориса Березовского к шести годам тюрьмы за хищение средств «Аэрофлота».
В сентябре 2006 года «Аэрофлот» обратился в Головинский районный суд Москвы с исковым заявлением о взыскании с обвиняемых в свою пользу около 215 млн руб. В 2007 году Генпрокуратурой был направлен запрос в Швейцарию о замораживании средств на счетах фирмы Andava и ее собственников. Местная юстиция арестовала 53 млн швейцарских франков (52 млн долл.) и в 2010 году перевела их авиакомпании.